tikets y facturas no emitidas

[Yas]

practicamente todos los dias al cerrar le doy a enviar las facturas generadas, aparecen las pendientes de enviar, le doy a enviar y listo. Pero en el mes de mayo, algo ha pasado porque descargo el excel de los movimientos y hay muchos más de los que se han enviado a hacienda. 
Esto es en bizkaia. Hay una diferencia de más del doble de movimientos. Sabes que ha podido pasar y como poder resolverlo?