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¿ Para actualizar puedo copiar le carpeta antigua en otro directorio insatalar la nueva version .
Que archivos de la version antigua tengo que reinstalar para las categrias y productos que ya tenia configurados?

La copia es solo por seguridad, por si algo falla o te equivocas, simplemente tienes que copiar toda la carpeta C:\SYSME\ en otro lugar.

En el proceso de actualización no perderas datos ni configuración, simplemente tienes que dejar activado el modo "solo actualización" (desactivando la opción de "instalación completa") en el programa de instalación.